La citometría de flujo es una técnica muy versátil que permite, entre muchas otras aplicaciones, el análisis microbiano. El principio en el que se basa es muy simple, ya que analiza células individuales de una mezcla por medio de la dispersión de la luz o por mediciones de fluorescencia propia o adquirida. El potencial de esta herramienta analítica ha crecido en los últimos años, lo que ha permitido la consolidación de esta como una técnica rápida, sencilla, suficientemente sensible y de fácil automatización para las crecientes necesidades de la industria alimentaria. Con el uso de la citometría de flujo, se pueden obtener datos sobre la fisiología, morfología, genética y diversidad de microorganismos presentes en alimentos o superficies. A pesar de lo todo lo anterior, en nuestro país, muy pocos laboratorios utilizan esta técnica en sus análisis de alimentos. Esta revisión pretende brindar al lector una visión actualizada de los avances de esta técnica y conocer sus múltiples aplicaciones, con el fin de que sea utilizada por aquellos laboratorios en los que se tengan los recursos necesarios para implementarla. Palabras clave: Microbiología de alimentos, citometría de flujo, alimentos, microorganismos.