Este centro de referencia inició sus funciones en 1991, como coordinador de la Red Nacional de Laboratorios para el Diagnóstico del Cólera.  Posteriormente, en el año 2000 se ampliaron sus funciones y se le pasó a denominar Centro Nacional de Referencia para Enfermedades Diarreicas; y, a partir del 2003, adquirió el nombre actual: Centro Nacional de Referencia de Bacteriología (CNRB), para abarcar una gama cada vez más amplia de eventos a vigilar. 

Como Centro de Referencia, la vigilancia basada en laboratorio es el eje central de su quehacer. Sin embargo, también realiza actividades de enseñanza, aseguramiento de la calidad e investigación aplicada. 

En la actualidad el CNRB está conformado por las secciones de: Enteropatógenos, Inmunoprevenibles y Bacterias Especiales, Antimicrobianos y Enfermedades Febriles Zoonóticas.