El CNRV es responsable de coordinar, a nivel nacional, la vigilancia basada en el laboratorio de las enfermedades  virales de importancia en salud pública, entre ellas: Rubéola, Sarampión, Síndrome de Rubéola Congénita (SRC), Poliomielitis, Influenza, Dengue, Chikungunya, Zika, Fiebre amarilla y realiza el diagnóstico diferencial con otras virosis respiratorias, Enterovirus, Alfavirus, Flavivirus, Varicela, Virus del Nilo Occidental, Parvovirus B19 y Herpes 6. Además, participa en procesos de  aseguramiento de la calidad, enseñanza e investigaciones operativas nacionales e internacionales de vigilancia epidemiológica relacionadas con dichas enfermedades.

A partir del 2006, la sección de Influenza y otros virus respiratorios del CNRV se consolida con la designación de Centro Nacional de Influenza (CNI) afiliado a la Organización Mundial de la Salud (OMS) por lo que forma parte del Sistema Mundial de la Vigilancia y Respuesta de Influenza, denominación que se ratificó el 03 de abril del 2018.  En el 2008 se implementó la vigilancia centinela de este evento en el país.