Justificación: La mayoría de las infecciones por microsporidios en el ser humano se han reportado en el tracto gastrointestinal, sin embargo, es posible hallarlos parasitando otros sitios anatómicos como el tracto genitourinario, en donde las patologías pueden variar desde uretritis hasta falla renal. Tradicionalmente esas infecciones se deben al género Encephalitozoon, parásito contra el cual el Albendazol ha demostrado ser un medicamento efectivo. Objetivo: Determinar la prevalencia de microsporidios en personas que son referidas al laboratorio para urocultivo, dados los antecedentes clínicos que presentan. Métodos: El procesamiento de las muestras incluyó su toma con técnica aséptica, su cultivo en los medios de Agar Sangre, MacConkey y Manitol - sal para su estudio por presencia de bacterias y/u hongos y la realización del antibiograma, según los parámetros establecidos por la CCSS para los urocultivos. Adicional a esto se centrifugó una alícuota de 9 ml separando 50 microlitos del sedimento urinario, al cual se le añadió igual volumen de KOH al 5%. Se hicieron frotis los cuales se fijaron con alcohol metílico una vez secos, y se tiñeron con la técnica trierómica de Weber, obviando el paso de la decoloración y la deshidratación. Resultados: Se encontró un 25% de orinas positivas por microsporidios. Los pacientes con edades entre 26 y 55 años presentaron mayor positividad. Conclusiones: El porcentaje de prevalencia encontrado (25%) y el hecho de que estas infecciones pueden llegar a causar severos daños al ser humano, hacen imperativa la necesidad de realizar diagnósticos más certeros de esta parasitosis, para lo cual proponemos la tinción de Weber con la modificación presentada en este trabajo para el diagnóstico de las infecciones por microsporidios en el tracto urinario.