Este departamento se encarga de realizar pericias en cada sección de acuerdo a su ámbito de trabajo, a los indicios que son recolectados en los sitios del suceso, mediante la aplicación de metodologías analíticas, que cumplen con los requisitos necesarios para garantizar la calidad de las mismas. Su especialización y políticas de desarrollo, le han permitido establecer métodos de reciente aplicación en el área científico - forense y seguir con un plan claro de modernización sostenible de acuerdo a las necesidades de la sociedad costarricense en el campo de la justicia.

Las funciones que se realizan en el Departamento de Ciencias Forenses  son de gran importancia para la investigación criminal, ya que trabaja en forma coordinada con el Departamento de Investigaciones Criminales, el Departamento de Medicina Legal y el Ministerio Público.