Los objetivos del FunCeNAT son:
- Promover la realización de actividades de investigación que permita proveer al país de la tecnología necesaria, pertinente y estratégica para un desarrollo competitivo de los diferentes sectores de la sociedad en el ámbito económico, social y ambiental.
- Promover la creación y dar aportes para el sostenimiento de espacios para la reflexión así como coordinar acciones que apoyen el desarrollo científico y tecnológico y la formación de grupos multidisciplinarios de investigadores de una alta formación y experiencia (alto nivel de masa crítica), especialmente a nivel de posgrado.
- Promover y apoyar la realización de programas académicos de investigación a nivel de posgrado en forma coordinada con las instituciones de educación superior universitaria estatal.
- Promover la coordinación de los sectores público y privado involucrados en la generación, capacitación, transferencia y aplicación de la alta tecnología.
- Fomentar e impulsar la generación de empresas de un alto contenido tecnológico y alto valor agregado para el país.
- Promover la extensión tecnológica, mediante exposiciones, congresos, seminarios, mercados tecnológicos, cursos de capacitación, entre otros.
- Desarrollar con propósitos de investigación actividades de desarrollo, licenciamiento, contratación de explotaciones (know-how), donación o compra de patentes, invenciones, modelos industriales o de utilidad.
- Divulgar y vender publicaciones derivadas de sus investigaciones, ceder, vender, traspasar y conceder licencias de explotaciones de sus patentes, modelos industriales o de utilidad así como cualquiera otro de los activos que integre su propiedad intelectual.
- En general, todo aquello que signifique bienestar social, cultural y científico concordante con lo anterior o lo estipulado en el artículo primero de la Ley de Fundaciones.