El Departamento de Historia Natural administra las colecciones de biodiversidad más antiguas y completas del país.  Al menos el 15% de los ejemplares que integran sus colecciones, datan de finales del Siglo XIX y principios del XX; el resto, corresponde a material recolectado en el transcurso de  la segunda mitad del Siglo XX.

Las colecciones de Historia Natural se enriquecen cada año, como resultado de las investigaciones que realiza el personal del departamento. Su crecimiento global, anualmente se enmarca en el orden de los 2.000 ejemplares.

En sus colecciones y mediante las investigaciones que aquí se desarrollan, el departamento se propone documentar el patrimonio natural del país a fin de propiciar su valoración por la sociedad costarricense, es así como el Departamento de Historia Natural funge como centro científico de documentación y divulgación de la riqueza natural del país.